Hükümetin her ile üniversite kampanyasıyla açtığı Iğdır Üniversitesi'nde ilahiyat fakültesi kurulması herkesçe şaşkınlıkla karşılanmıştı. Iğdır ilinin demografik yapısına yönelik tehditlerin arttığı bir dönemde, hiç de ihtiyaç olmadığı halde ilahiyat fakültesi açılmak istenmesi Caferilerin derin tepkisine neden olmuştu.

Iğdır'daki sivil toplum örgütlerinden de tepki gören bu fakülte konusunda YÖK tepkilere kulak tıkadı ve 2009 yılının ilk toplantısında malum müfredata sahip ilahiyat fakültesine dekan atadı.