Cafer b. Ebutalib Habeşistan'dan döndükten bir yıl kadar sonra, üç bin kişi eşliğinde Rumlarla savaşmak için Ürdün topraklarına doğru yola koyuldu. Allah Resulü  (s.a.v) orduyu uğurlarken şöyle dedi: “Cafer şehit olduğu takdirde komutanlık Zeyd b. Harise’nin ondan sonra da Abdullah b. Revaha’nın uhdesinde bulunmaktadır. Onun başına da bir hadise gelecek olursa Müslümanlar istediği bir kimseyi kendilerine komutan olarak seçsinler. ”

İslam ordusu Ürdün topraklarında olan Mute adlı yerde Rumlar ile karşı karşıya geldi. İslam’ın üç bin kişilik ordusu Rumların yüz bin kişilik ordusu ile karşı karşıya geldi. Cafer-i Tayyar bu savaşta eşsiz fedakarlık sergiledi ve sonunda da şehit oldu. İslam ordusu komutanlarının tümü bir biri ardınca şehadete ulaştılar. Sonunda Halid b. Velid, İslam ordusundan geride kalanları düşmanın muhasarasından kurtardı ve hep birlikte Medine’ye geri döndüler.

Cafer’in  (a.s) şehadet haberi Peygamberi Ekrem’e  (s.a.v) ulaştığında önce ağladı ve daha sonra şöyle buyurdu: “Cafer gibi bir şahsiyet için ağlamak gerekir. Allah ona kesilmiş olan iki elleri yerine cennette meleklerle birlikte uçması için kendisine iki kanat verdi.

Bu sebep üzere Cafer’e, Cafer-i Tayyar demişlerdir. Cafer otuz üç yaşında iken bu savaşta şahadete erişti ve orada defnedildi..