Ayetullah Hüseyin Ali Muntazari, İsfahan ve Kum'daki dini ilim havzalarında tahsil yaptı. Kum'da İmam Humeyni, Abdurrezzak Gaimi, Ayetullah Seyyid Muhammed Muhakkik Yezdi, Ayetullah Bahauddini, Ayetullah Seyyid Sedruddin Sadr, Ayetullah Seyyid Burucerdi ve Ayetullah Allame Seyyid Muhammed Hüseyin Tabatabaii gibi büyük üstatlardan ders aldı.

Muntazari, Şah zamanında  Hicri Şemsi 1342 yılında bir kaç kez tutuklanıp daha sonra 1354'te on yıl hapse mahkum edildi. 1357'de Ayetullah Kuleyni ile birlikte serbest bırakıldı. İran İslam İnkılabı zafere ulaştıktan sonra Hubregan Meclisi tarafından 1364 yılında rehberlik vekaletine getirildi. Bu görevine 1368 yılına kadar devam etti. Daha sonra bu görevinden ayrılan Ayetullah Muntazari, sadece ilmi işlerle meşguldü.

Ayetullah Hüseyin Ali Muntazari 87 yaşındaydı.